ファルケとシルヴァによるゲート計画は魔法戦士たちにより阻止され、
メッツァーの解放を企図したその二人や魔物たちも何処かへ姿を消し、世界は一旦平穏を取り戻した。

魔界から地上への侵攻に危機感を感じた百合瀬莉々奈は、国際教導学園を買い取り、
魔法科プログラムを導入して、素養のある生徒を未来の魔法戦士として育成する計画を進める。
沢渡継はそんな国際教導学園の通常課程から、成績優秀者として魔法科へと昇格、
そこでクラスメイトの真咲百果と、生徒会役員である裁明寺柴鶴と出会う。
当初は魔法の授業などついていけるわけがないと思っていた継だったが、不思議と全てが理解できた。

魔法科へ編入することになるものの、主人公は自信なさげ

主人公・沢渡継は開始時点ではしがない一生徒（特に悪ではない）で、学園に平和に通っていましたが、突然魔法科への編入を勧められます。突然の話に主人公は困惑気味ですが、教師から理由が説明され、適性試験の結果が良かったため魔法科教師（甘樹 菜々芭）がスカウト的に目をつけたという状況でした。魔法が使えるようになったら世界征服ができますかと思わず尋ねてしまい、教師から怪訝な顔をされたりしますが、結局話を受けることを決意します。

転入前に教室を見て回っていると、女子学生（真咲百果）と遭遇します。主人公のことは噂になっていて、向こうも興味津々で、魔法科について勝手にあれこれ教えてくれました。果たして自分がやっていけるのかと自信なさげな主人公に、これだけ適性があるんだからやっていけるよと励まします。会話していると女の子は突然めまいがして倒れてしまい、病気というよりは何かが目覚める前触れという雰囲気です。

帰ろうとすると別の生徒の会話が耳に入り、魔法科を辞めたいという深刻な話でした。いかにも生徒会役員という雰囲気の女子（裁明寺紫鶴）は、魔法はこれから世の中の役に立つ、授業が難しいなら難しいと教師に伝えるべきと励まします。会話後、見つかって声をかけられ、やはり生徒会長でした。